После обнаружения, что загрязнение создало ложное впечатление о различиях в микробных сообществах в младенцах и малышах, и поняв, что эти разновидности загрязнения часто появлялись в других исследованиях микробиома, исследователи в Соединенном Королевстве сделали систематическое исследование того, как загрязнение может влиять на результаты геномных обзоров микроорганизмов. Они находят, что большинство комплектов испытания и другие реактивы для анализа ДНК содержат беспризорную микробовую ДНК, которая может пересилить сигнал местных бактерий, особенно когда те бактерии не очень многочисленны.
Таким образом загрязнение не будет проблемой для исследований микробиома фекальных образцов, имеющих много бактерий, но выглядит угрожающим для образцов, содержащих относительно немного бактерий, таких как пыль, спинномозговая жидкость или кровь.