Это – сообщение от команды ученых из Великобритании и Канады, преподавая недельный класс приблизительно 40 коллегам – исследователям со всех США при Исследовании Техасского университета A&M AgriLife в Колледж-Стейшене.Этот курс, своего рода «летний лагерь ботаника для взрослых», отличался, сказали организаторы. Вместо того, чтобы инструктировать искусство и науку о геномике и биоинформатике на многомиллионном оборудовании, как правило, в лабораториях, класс использовал фаворита – упорядочивающая система, сделанная Оксфордской Технологией Нанопоры.
В основном это – переносное устройство, в которое помещен образец, и затем в течение минут геном образца переведен на ноутбук.«Подвижность этой системы – то, что привлекательно об этом устройстве», сказал доктор Джон Тайсон, преподаватель фаворита и научный сотрудник в Университете Британской Колумбии в Ванкувере.
Устройство уже использовалось, чтобы бороться против Эболы в отдаленных джунглях Гвинеи и пробовать и москитов и людей для присутствия вируса Зика в северо-восточной Бразилии, по словам преподавателя фаворита доктора Ника Ломена, независимого научного сотрудника в Бирмингемском университете, Англия.Зная, какие болезнетворные микроорганизмы присутствуют вначале, Ломен сказал, может помочь ученым начать работать больше к наблюдению и таким образом предотвращению вместо того, чтобы реагировать на проблемы после того, как они становятся проблемами.Фаворит представляет огромный прыжок для исследователей, которым нужна очень портативная система по нескольким причинам, по словам доктора Чарли Джонсона, директора по Обслуживанию Геномики и Биоинформатики с Исследованием AgriLife в Колледж-Стейшене.
Во-первых, много исследования происходит в отдаленных областях, где более крупное оборудование не может использоваться. И во-вторых, чем быстрее результаты прибывают, тем более быстро они могут быть переведены на действия.«Однако этот тип портативной технологии не замена для нашего уровня предприятия исправительно-трудового лагеря Illumina упорядочивающие системы, которые могут сделать эквивалент 48 проектов генома человека через 48 часов», сказал Джонсон, отметив, что первый проект генома человека занял 13 лет. «Скорее Фаворит – другой фантастический инструмент в нашем поясе инструмента геномики».
«Учебные другие, чтобы использовать этот тип технологии помогают уполномочить исследование», сказал Джонсон, который организовал совместно событие с доктором Робертом Бургхардтом и Эшли Гастэфсон из Школы Техасского университета A&M Ветеринарии. «Легче учить 250 студентов, как использовать технологию, чем попытаться индивидуально обращаться с этим много проектов. И в сельском хозяйстве, по крайней мере, наша конечная цель должна накормить человечество, таким образом, это помогает далее нашим открытиям к тому концу».Действительно, хотя технология в конечном счете может использоваться, чтобы подобрать типичную домашнюю информацию, испытательная площадка в основном была сельским хозяйством, природными ресурсами и медициной, отметил Джонсон.
Исследователи, посещающие обучение, на самом деле, были обязаны приносить фактические образцы своих текущих проектов использовать, изучая технологию. Включенный в соединение были исследования львов, медведей, кошек, аляскинских ледяных ядер, ламантинов и различных насекомых, таких как блохи и скорпионы.
Обнаружение, что заставляет те вещи тикать, если можно так выразиться, может ведущие исследователи к решениям.«Мы просто царапаем поверхность», сказал доктор Мик Уотсон, преподаватель фаворита и глава геномики в Эдинбургском университете, Шотландия. «Технология достигает пункта, где потребители будут в состоянии использовать ее через три – пять лет».Уотсон также подчеркнул важность способности фермеров использовать недорогую технологию на фермах, чтобы определить присутствие болезнетворных микроорганизмов, прежде чем они нанесут чрезмерный ущерб зерновым культурам и домашнему скоту.Именно о быстром диагнозе, таким образом, правильное лечение может быть обеспечено, и в свою очередь замедляет темп сопротивления пестицидам и лекарству, сказал он.
Ломен согласился.«Часто доктор будет прописывать общий антибиотик, чтобы заставить Вас чувствовать себя лучше, не зная, является ли на детали бактерии, или самым эффективным, если то, что Вы имеете, является на самом деле вирусом», сказал он. «Способность быстро получить геномную последовательность микроба, а не ждать культуры, чтобы вырасти в лаборатории могла привести к способности использовать более узкий спектр антибиотиков, которые ограничат темп устойчивости к антибиотикам».Также есть немного немного больше «из ряда вон выходящего» потенциального использования для технологии, такого как контроль качества для пивоваров ремесла, отмеченная команда. Заключение недельного курса было производственной практикой Королю Шута Пивоваренный завод в Остине, который хвастается о его использовании «естественной среды и местного сельского хозяйства».
Там, недавно снабженные студенческие исследователи и команда собрали образцы дрожжей, чтобы работать на фаворитах. Знание, какие дрожжи присутствуют, может помочь пивоваренному заводу знать, как управлять ароматом его содержания, объяснил Уотсон.
Обучение спонсировалось CyVerse, JetStream, XSEDE и Техасом Продвинутый Вычислительный центр в Техасском университете, Остин. Джонсон сказал курс, который был другим первым в своем роде в США, будет служить моделью для будущих классов в стране.