Ученый-онколог из Джона Хопкинса убедил международную группу коллег отложить гонку, чтобы найти новые биомаркеры рака, и вместо этого начать 7000-часовую утомительную работу над сборником из 50000 уже опубликованных научных статей, чтобы собрать, расшифровать и проанализировать молекулы, которые могут предвещать скрытое присутствие рака поджелудочной железы.
«При ограниченных ресурсах, доступных для исчерпывающего и дорогостоящего тестирования, которое необходимо провести, прежде чем какой-либо кандидат будет считаться истинным биомаркером клинической ценности, важно подвести итоги общей картины и выработать стратегию», – говорит Ахилеш Пандей, М.D., Ph.D., адъюнкт-профессор Института генетической медицины МакКьюзика-Натанса Медицинской школы Университета Джона Хопкинса, а также основатель и директор Института биоинформатики в Бангалоре, Индия.
Собрав литературу, чтобы собрать 2516 потенциальных биомаркеров рака поджелудочной железы, Панди и его команда 6 апреля публикуют свой сборник в PLoS Medicine. Они систематически каталогизировали гены и белки, которые сверхэкспрессируются у пациентов с раком поджелудочной железы, а затем охарактеризовали и сравнили этих кандидатов в биомаркеры с точки зрения того, насколько каждый из них заслуживает дальнейшего изучения.
Более 200 генов включены в окончательный список, потому что в четырех или более опубликованных исследованиях они были чрезмерно экспрессированы – это означает, что белки, которые они производят, находятся в более высоком количестве у людей с раком поджелудочной железы, чем у людей без этого заболевания. Это квалифицирует их как "отличные кандидаты" для дальнейших исследований, которые необходимы для подтверждения их как чувствительных и специфических биомаркеров, отмечают авторы.
Панди говорит, что его мотивировал тот факт, что даже ведущие исследователи рака не имели реального представления о том, сколько биомаркеров-кандидатов на рак поджелудочной железы уже было идентифицировано, не говоря уже о том, как они сочетаются друг с другом с точки зрения клинической ценности при обнаружении ранних стадий рака. болезнь. Такие биомаркеры высоко ценятся, потому что они скачут, как Пол Ревир, по кровотоку и могут сигнализировать о раннем предупреждении о клинически невидимых формах рака и других заболеваниях.
"Курирование и базы данных – не очень привлекательные концепции," говорит Панди. "Но мы не можем продолжать заниматься новыми захватывающими открытиями и никогда не тратить время на то, чтобы каталогизировать наши результаты и поделиться ими."
Использование биомаркеров рака поджелудочной железы, чтобы доказать ценность такой стратегической "Большая фотография" По словам Панди, он может послужить основой для других исследований маркеров болезни.
"Впервые с раком поджелудочной железы – и, возможно, с любым раком – у нас есть информация о количестве уже идентифицированных кандидатов и реальное представление о том, какую большую армию мы должны отправить для дальнейшего тестирования," говорит Панди.
Конечная цель Панди – выявить лучший белковый биомаркер рака поджелудочной железы – молекулу, которая обнаруживается в доступной телесной жидкости и, следовательно, может быть обнаружена с легкостью и точностью – точно так же, как белковый биомаркер, который вырабатывается на ранней стадии развивающимся плодом и является используются домашними тестами на беременность.
В "Золотой стандарт" биомаркер рака поджелудочной железы будет обладать как высокой чувствительностью, так и специфичностью для ранней диагностики. Рак, по сути, представляет собой аномальную популяцию клеток, которые производят определенные молекулы – биомаркеры, – которых здоровые, свободные от рака тела не производят. Рак также имеет тенденцию к зарождению, говорит Панди.
Идеальный биомаркер позволит легко диагностировать рак, когда он еще молодой, до того, как он распространился на другие органы. По словам Панди, это также может помочь врачам принимать информированные решения о лечении и лучше прогнозировать результаты: "Биомаркеры могут сказать нам, кому следует сделать операцию, кому – химиотерапию и у каких людей рак может рецидивировать."
По словам Панди, открытие биомаркеров – это стремительно развивающаяся область исследований, которая дает постоянно растущие объемы данных – больше, чем кто-либо может надеяться отслеживать, если только они не будут собраны стратегически для широкого исследования.
"Мы хотим инициировать тенденцию, доказывая важность сбора и каталогизации," Панди говорит, "которые многие могут посчитать утомительными."
Следующим шагом команды будет создание общедоступной и бесплатной веб-базы данных с возможностью поиска.
Источник: Медицинские учреждения Джонса Хопкинса