«Наше вычислительное исследование проливает свет на последние экспериментальные прорывы на затруднительной манипуляции ДНК и добавляет интересные и неожиданные элементы,» объясняет Микелетти. «Мы сначала наблюдали, как затруднительные нити ДНК проходят через крохотные поры с диаметром приблизительно 10 миллимикронов (10 миллиардных частей метра). Поведение, наблюдаемое в наших моделированиях, было в хорошем соглашении с экспериментальными измерениями, полученными международной исследовательской группой во главе с Сисом Деккером, которые были изданы только несколько месяцев назад по своей природе Биотехнология. Эти передовые и сложные эксперименты отметили поворотный момент для понимания соединения узлом ДНК.
Однако текущие эксперименты не могут «видеть», как узлы ДНК на самом деле проходят через узкую пору». На самом деле явление происходит по крошечному пространственному масштабу, и поэтому недоступный микроскопам. Это – точно причина, почему наша группа обратилась к тому, что великий немецкий биофизик Клаус Шултен назвал «вычислительным микроскопом», то есть, компьютерные моделирования."Сума и Микелетти объясняют: «Моделирования показали, что проход узла может произойти двумя отличными способами: тот, где узел труден, и другой, где узел более делокализован.
В обоих случаях узлу не только удается пройти через пору, но и это делает так в очень краткое время». Кроме того, узел обычно проходит в заключительных этапах перемещения, когда большая часть нити ДНК уже прошла. «Но есть что-то больше, которое является парадоксальным» государством авторы, «размер узла, быть им маленький или большой, кажется, не затрагивает много время преграды поры. Последний зависит вместо этого от скорости перемещения, которая, в свою очередь, зависит от исходного положения узла вдоль нити». Эти результаты, говорят исследователи, должен помочь дизайну будущих экспериментов, исследовав непосредственное соединение узлом ДНК, все еще в основном неизведанного места проведения, особенно относительно размера узлов ДНК.
Продвижение нашего текущего понимания узлов в биологических молекулах важно, чтобы разъяснить их последствия в биологических контекстах, а также в применимых, таких как ДНК упорядочивающие нанопоры использования. Сума и Микелетти надеются, что многообещающие направления, предложенные их исследованием, могут привести к более подробному и точному профилированию запутанности в ДНК, РНК и белках.