Вместо тестирования отдельных маркерных генов или белков исследователи из Калифорнийского университета в Сан-Диего (Калифорнийский университет в Сан-Диего) и онкологического центра Университета Мурса имеют доказательства того, что группы или сети интерактивных генов могут быть более надежными при определении вероятности того, что форма лейкемии – быстроразвивающаяся или медленнорастущая.
Одна из проблем при выборе правильной терапии хронического лимфолейкоза (ХЛЛ) заключается в том, что трудно определить, какой тип заболевания у пациента. Одна форма прогрессирует медленно, с небольшими симптомами в течение многих лет. Другая форма более агрессивна и опасна. Хотя тесты существуют и обычно используются, чтобы помочь предсказать, какая форма может быть у пациента, их полезность ограничена.
Хан-Ю Чжуан, доктор философии.D. кандидат программы биоинформатики и системной биологии на факультете биоинженерии в инженерной школе Калифорнийского университета в Сан-Диего Джейкобс, старший автор Thomas Kipps, M.D., Ph.D., профессор медицины и заместитель директора по исследованиям онкологического центра Университета Калифорнии в США (Moores UCSD Cancer Center) и их коллеги проанализировали активность и паттерны экспрессии генов в раковых клетках 126 пациентов с агрессивным или медленно растущим ХЛЛ. Исследователи, используя сложные алгоритмы, сопоставили эти профили активности генов с огромной базой данных, содержащей 50 000 известных белковых комплексов и сигнальных путей среди почти 10 000 генов / белков, в поисках "подсети" совокупных паттернов экспрессии генов, которые разделили группы пациентов. Они обнаружили 30 таких подсетей генов, которые, по их словам, лучше предсказывали, является ли заболевание агрессивным или медленно растущим, чем современные методы, основанные только на экспрессии генов.
Они представили свои результаты в понедельник, 8 декабря 2008 г., на ежегодном собрании Американского общества гематологов в Сан-Франциско.
"Мы хотели объединить экспрессию генов заболевания и большую сеть взаимодействий с человеческими белками, чтобы реконструировать пути, участвующие в прогрессировании заболевания," Чуанг объяснил. "Представляя соответствующую информацию о путях, мы можем лучше прогнозировать." Чуанг, соавтор Трей Идекер, доктор философии.D., профессор биоинженерии в UCSD и их сотрудники ранее продемонстрировали потенциал этого метода в прогнозировании риска метастазирования рака груди.
"Когда вы анализируете только экспрессию гена, вы анализируете его изолированно," Чуанг объяснил. "Гены действуют согласованно и функционально связаны друг с другом. Мы предположили, что имеет больше смысла анализировать экспрессию генов с более механистической точки зрения, основываясь на информации о генах, действующих вместе в определенном пути. Мы ищем новые маркеры – уже не отдельные гены, а набор ко-функциональных, взаимосвязанных генов," она сказала. "Мы хотели бы иметь возможность моделировать выживаемость без лечения."
Текущая работа "Доказательство принципа," Чуанг сказал. Потребуются клинические испытания, чтобы проверить, действительно ли конкретные подсети генов могут предсказывать прогрессирование ХЛЛ у пациентов. Она считает, что подсети можно использовать для обеспечения "мелкомасштабные биологические модели прогрессирования болезни," позволяя исследователям лучше понять процесс.
В конце концов, по ее словам, может быть разработан диагностический чип для тестирования образцов крови на такие генетические подсети, которые указывают на вероятное течение болезни. Задействованные биологические пути также могут быть мишенями для лекарств.
По оценкам Американского онкологического общества, в 2008 г. в США будет около 15 110 новых случаев ХЛЛ, из которых около 4390 случаев смерти.
Источник: Калифорнийский университет в Сан-Диего